Questions et réponses modifiées pour plus de longueur et de clarté.
Notre deuxième AMA Reddit a été un succès ! Cette fois, Luca, Ryszard et le Dr Martin ont répondu aux questions de la communauté Reddit sur le microbiome intestinal, l'intelligence artificielle en médecine, la bioinformatique et bien plus encore. Découvrez ci-dessous quelques-unes des questions les plus populaires que nous avons reçues et auxquelles nous avons répondu. Merci à tous les Redditors qui ont posé des questions !
Table des matières
1. Quelle est la relation entre le microbiome et les maladies auto-immunes, et quel rôle joue l’alimentation ?
2. Est-il vrai que les germes présents dans nos intestins contrôlent notre humeur ?
3. Que pensez-vous de la transplantation de microbiote fécal (FMT) ?
4. Quel est le lien entre l’autisme/TDAH et la santé intestinale ?
5. Quelles sont les habitudes saines et malsaines pour le microbiome ?
6. Avez-vous une idée si fumer de la marijuana via des cartouches de fleurs ou d'huile est nocif pour le microbiome ?
7. Quel rôle joue le microbiome dans l’absorption de la ferritine et que peut-on faire pour une personne souffrant d’anémie ?
8. Que puis-je faire pour me défendre lorsque mes médicaments ne fonctionnent pas et que je présente des symptômes de malabsorption des nutriments ?
9. Mon régime alimentaire restrictif à long terme et pauvre en FODMAP pourrait-il favoriser un sous-type de bactéries qui me rend plus gazeux ?
10. Y a-t-il des aliments ou des habitudes alimentaires qui ont des effets positifs mesurables sur le microbiote intestinal au-delà de la réduction des aliments transformés et du sucre ?
11. Les boissons probiotiques m’aideront-elles si j’en consomme une tous les jours ?
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Q1 : Existe-t-il un lien étroit entre le microbiome et les maladies auto-immunes comme le psoriasis ? Est-il possible de réduire les poussées en modifiant son alimentation ? Ou, à l'inverse, existe-t-il des micro-organismes suspectés d'aggraver les maladies auto-immunes ? (u/Ambivertigo)
R : Il existe indéniablement un lien entre le microbiome et les maladies auto-immunes. Presque toutes les maladies auto-immunes ont été associées à des modifications du microbiome intestinal et de son microbiome correspondant (par exemple, le microbiome cutané des personnes atteintes de psoriasis est différent de celui des personnes en bonne santé). Ce qui est surprenant et intéressant, c'est qu'un élément comme le microbiome intestinal, si éloigné de la peau, soit lié au psoriasis.
Selon nos connaissances actuelles, le microbiome intestinal entretient une relation bilatérale avec le système immunitaire, lequel est à son tour le moteur direct des maladies auto-immunes. Par conséquent, le microbiome intestinal est indirectement lié à ces maladies via le système immunitaire.
En matière d'alimentation, un changement de régime alimentaire permet assurément de réduire les poussées. L'alimentation a un impact important sur le microbiome, et les régimes riches en aliments transformés et en sucre, comme le régime occidental, sont directement associés à une aggravation du psoriasis, car ils peuvent favoriser la croissance de bactéries néfastes qui stimulent le système immunitaire.
Malheureusement, cela est très personnel. Un régime alimentaire efficace contre le psoriasis chez une personne peut ne pas l'être chez une autre, mais il existe un consensus sur le fait que les déclencheurs courants tels que le stress, le sucre transformé, l'alcool et les produits laitiers doivent d'abord être éliminés de l'alimentation avant tout changement alimentaire plus important.
Q2 : Est-il vrai que les germes présents dans nos intestins contrôlent notre humeur ? (u/ripthatsong)
R : On dit que l'intestin est notre deuxième cerveau, et je pense que c'est une façon appropriée d'aborder le sujet du lien entre le cerveau et l'intestin. L'axe cerveau-intestin est une voie de communication à double sens entre ces régions de notre corps. Cette relation est bidirectionnelle, ce qui signifie que l'activité et le fonctionnement de l'un peuvent affecter l'autre.
En résumé, tous les germes présents dans nos intestins, ce que nous appelons le microbiote intestinal, influencent fortement notre humeur, grâce à cet axe cerveau-intestin. Par exemple, des troubles de l'humeur comme l'anxiété et la dépression ont été associés à une activité anormale du microbiote intestinal, notamment des réactions au stress et une inflammation provoquées par des composés produits par le microbiote intestinal (par exemple, les acides gras à chaîne courte). Le risque de développer de tels troubles de l'humeur est également accru chez les personnes souffrant de troubles intestinaux, comme les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI) et le syndrome de l'intestin irritable, en raison, entre autres, de l'altération des bactéries intestinales saines et du stress lié à la gestion de problèmes intestinaux chroniques et stigmatisés.
Non seulement le microbiote intestinal peut déclencher des réactions de stress qui affectent l'humeur, mais le stress ou l'anxiété peuvent également déclencher des symptômes gastro-intestinaux. Ce n'est pas pour rien que de nombreuses personnes souffrant de troubles intestinaux sont encouragées à essayer la méditation : apaiser et recentrer le corps et l'esprit peut améliorer les symptômes ! Cela explique pourquoi nous considérons la relation entre le cerveau et l'intestin comme bidirectionnelle.
Q3 : Que pensez-vous de la transplantation de microbiote fécal (TMF) ? (u/king-schultz)
R : Excellente question. La thérapie par la fumarate de méthyle (TMF) présente un fort potentiel thérapeutique pour les maladies transmises par le microbiote, mais la recherche en est encore à ses balbutiements. La seule indication actuellement approuvée pour la TMF est l'infection récurrente à C. difficile . Son utilisation pour d'autres maladies n'a été utilisée que dans le cadre d'essais cliniques.
Certains essais utilisant la TMF pour traiter des maladies telles que la rectocolite hémorragique ou la maladie de Crohn ont été couronnés de succès, tandis que d'autres ont échoué. De nombreux facteurs doivent être pris en compte pour expliquer ce phénomène, tels que l'origine des selles du donneur, le dosage des selles, la fréquence des dosages, la nature de la maladie du receveur, son protocole médicamenteux et bien d'autres encore, qui peuvent tous influencer les résultats de l'essai. Par exemple, la TMF sera perçue différemment par un patient ayant pris des antibiotiques avant la TMF. Par conséquent, il n'existe pas de réponse claire quant à savoir si la TMF, en tant que traitement autonome, peut soulager les maladies chroniques.
Une étude qui a donné FMT Les patients atteints de colite ulcéreuse ont vu une grande partie d'entre eux rechuter dans les mois qui ont suivi, ce qui a amené les chercheurs à se demander si c'était la bonne voie à suivre.
Le microbiome n'est que l'un des trois composants impliqués dans les maladies chroniques d'origine immunitaire. Les deux autres, le système immunitaire et le mode de vie (sommeil, stress, alimentation, etc.), jouent également un rôle important. Un traitement de fond de la fonction hépatique administré seul à un patient atteint d'une maladie d'origine immunitaire non contrôlée aura beaucoup moins de chances de succès qu'un patient sous traitement médicamenteux dont la maladie est relativement bien maîtrisée.
Enfin et surtout, la personnalisation de la greffe de moelle osseuse (FMT) est un aspect important et peu étudié de la technique. De la même manière qu'une greffe cardiaque doit correspondre au profil génétique du receveur, une greffe de moelle osseuse dont les bactéries ne correspondent pas aux besoins du receveur aura moins de chances de succès. Il serait donc judicieux de réaliser une analyse du microbiome intestinal du donneur et du receveur afin d'évaluer leur compatibilité avant la greffe. Cependant, les caractéristiques de compatibilité entre donneur et receveur restent encore mal définies et nécessitent des recherches plus approfondies.
Q4 : Existe-t-il un lien clair entre l’autisme et/ou le TDAH et la santé intestinale ? Une meilleure santé intestinale permettra-t-elle une meilleure gestion des symptômes de l’autisme et du TDAH ? (u/Just-Olive-2599)
R : Les troubles neurologiques tels que l'autisme et le TDAH sont des sujets très complexes, mais des données probantes les relient au microbiote intestinal. En effet, les personnes atteintes d'autisme ou de TDAH présentaient des différences microbiologiques par rapport aux personnes en bonne santé. Voici quelques données préliminaires chez la souris : des souris saines, ayant reçu une greffe fécale de souris atteintes de TDAH, développent des symptômes de TDAH et des modifications cérébrales. La metformine, un médicament antidiabétique, il a été démontré qu’il avait des effets significatifs sur le microbiome humain et qu’il réduisait également les symptômes autistiques chez la souris.
Bien que le lien entre le microbiome et les troubles neurologiques soit beaucoup moins étudié que celui entre le microbiome et les maladies gastro-intestinales, la recherche progresse dans cette direction. Des études récentes ont montré que des changements alimentaires contribuaient à modifier le microbiome et à améliorer les symptômes du TDAH.
Q5 : Quelles habitudes améliorent le microbiome intestinal et lesquelles lui sont néfastes ? (u/Critical-Survey-2202)
R : Bien que cette liste ne soit pas exhaustive, voici quelques éléments qui ont été associés à l’amélioration ou à la détérioration de votre microbiome intestinal, ainsi que les recherches qui les soutiennent.
Amélioration du microbiome :
L'alimentation est une habitude importante qui influence le microbiome. Votre alimentation vous fournit non seulement de l'énergie et des nutriments, mais nourrit également les bactéries présentes dans votre tube digestif. Pour améliorer et préserver votre microbiome intestinal, il est important de lui fournir les nutriments dont les bactéries saines ont besoin pour survivre. Le régime méditerranéen, riche en fruits, légumes, noix, légumineuses, huile d'olive et viandes comme le poisson et la volaille, limite la consommation de viandes rouges et de céréales raffinées.
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7359750/
Une autre façon d'améliorer la santé de votre microbiote intestinal est d'intégrer des aliments fermentés, comme le kombucha, le kéfir, le yaourt et le kimchi, à votre alimentation. Ces aliments contiennent des bactéries vivantes bénéfiques qui peuvent améliorer votre microbiote intestinal, ainsi que de nombreux composés formés lors de la fermentation, bénéfiques pour vous et les bactéries déjà présentes dans votre intestin.
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6306734/
De plus, d'autres aspects du mode de vie ont été associés aux caractéristiques d'un microbiote intestinal sain. Plus précisément, certaines études ont établi des liens entre une bonne qualité de sommeil et l'exercice physique, et les aspects positifs du microbiote intestinal.
- https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32795890/
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5357536/
Perturbation du microbiome :
Tout comme votre alimentation peut améliorer votre microbiome intestinal, elle peut également perturber la flore intestinale et favoriser la prolifération de bactéries nocives. Une alimentation riche en aliments transformés, en sucres et en graisses, et pauvre en fibres, en fruits et légumes, a été associée à une perturbation du microbiome intestinal. De fait, on pense que ces régimes jouent un rôle dans l'augmentation de l'incidence des maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI).
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6566788/
Le tabagisme nuit également au microbiome intestinal et a été identifié comme un facteur de risque de maladies chroniques telles que les MII.
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8245763/
Q6 : Avez-vous une idée si fumer de la marijuana via des cartouches de fleurs ou d'huile est nocif pour le microbiome ? (u/Koda_20)
R : Actuellement, il n’existe pas beaucoup d’études qui ont examiné l’association entre le cannabis et le microbiome intestinal.
Une étude a examiné le microbiome intestinal des consommateurs chroniques de cannabis et a trouvé un ratio de bactéries modifié par rapport aux non-fumeurs, mais cela était probablement dû au régime alimentaire différent de ceux qui fumaient chroniquement ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5790619/ ).
Deux autres études ont démontré certains effets bénéfiques sur le microbiome intestinal du traitement au CBD ou au THC dans des modèles murins d'encéphalomyélite auto-immune expérimentale ( https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31356922/ ) et d'obésité ( https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26633823/ ).
Des recherches supplémentaires sur ces connexions sont certainement nécessaires avant de pouvoir tirer des conclusions sur l’effet du cannabis sur le microbiome intestinal.
Q7 : Quel rôle joue le microbiome dans l'absorption de la ferritine ? Une personne anémique peut-elle faire quelque chose pour améliorer son état ? (u/Drakorre)
R : Dans le contexte de la santé intestinale, l'anémie est fréquente chez les patients souffrant de troubles gastro-intestinaux tels que la maladie cœliaque, le syndrome du côlon irritable (SCI) et les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI). Elle est en partie due à la malnutrition et à l'inflammation intestinale, qui peuvent altérer l'absorption du fer alimentaire. C'est pourquoi, chez de nombreux patients souffrant de troubles gastro-intestinaux, les suppléments de fer par voie orale sont tout simplement inefficaces ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3959949/ ).
La ferritine est la protéine qui aide notre corps à stocker le fer. De nombreuses études ont montré que le microbiome joue un rôle dans l'absorption du fer par l'intestin. De plus, le corps humain et ses cellules ont besoin de fer pour fonctionner, mais le fer est également essentiel à de nombreuses bactéries du microbiome intestinal.
Une étude récente menée sur des souris a montré que les bactéries intestinales peuvent concurrencer l'organisme pour le fer en réduisant sa propre capacité d'absorption. Une version vulgarisée de cet article est également disponible pour les lecteurs intéressés.
Cette recherche est encore assez récente et il faudra du temps avant qu’elle soit mise en pratique en clinique. Cependant, une analyse du microbiome pourrait indiquer s’il existe des niveaux élevés de bactéries susceptibles de ralentir l’absorption du fer par votre corps.
À titre de remarque, il est important de trouver et de traiter la cause de votre anémie avec un médecin agréé avant d’enquêter en dehors du domaine de la pratique médicale actuelle.
Q8 : Je vais bientôt consulter mon gastro-entérologue, car mon traitement actuel ne me permet pas de retrouver un état normal (dicyclomine) et je continue à présenter des symptômes de malabsorption des nutriments. Que puis-je demander pour me défendre ? Des examens ? Je ne veux pas être bourré d'antibiotiques, mais il semble que les médecins aient toujours recours à cela. (u/RadioactiveTaco)
R : Un aspect important du patient est de trouver des moyens de se responsabiliser et d'obtenir les réponses dont il a besoin. Il est donc essentiel de savoir défendre ses intérêts. La malabsorption des nutriments peut être un problème très grave. Je vous encourage donc à demander les analyses nécessaires pour vérifier votre nutrition (analyses sanguines, analyses de selles, etc.). Compte tenu des données obtenues, demandez-lui s'il serait dans votre intérêt de consulter un diététicien agréé ou s'il existe une solution immédiate pour remédier au problème. Si vous souffrez de troubles intestinaux et que vous utilisez de la dicyclomine pour tenter de les résoudre, les antibiotiques ne semblent pas constituer la meilleure solution de rechange. Vous avez raison de dire que les médecins ont tendance à y recourir, mais si vous vous présentez à votre rendez-vous en étant bien informé sur l'utilisation des antibiotiques et sur leur impact négatif sur la flore intestinale et les populations bactériennes, et sur les symptômes intestinaux, vous pourrez engager une discussion plus approfondie avec votre gastro-entérologue sur les options les plus adaptées à votre situation, à vos objectifs et à votre mode de vie. Rédiger une liste de vos questions spécifiques et de vos objectifs pour le rendez-vous peut vous aider, vous et votre gastro-entérologue, à définir vos attentes afin que vous tiriez le meilleur parti de votre visite.
Si vous quittez le rendez-vous insatisfait de la gestion de votre situation ou si vous souhaitez approfondir vos connaissances sur votre santé intestinale, un test de microbiote intestinal à domicile pourrait vous aider à trouver les réponses à vos questions ! Je suis ravi(e) que vous appréciez notre travail et j'espère vous avoir donné de bons conseils ! Bonne chance pour votre rendez-vous gastro-intestinal !
Pour terminer, voici quelques informations supplémentaires sur la dicyclomine et la malabsorption des nutriments, qui sont généralement liées au SCI : https://www.uptodate.com/contents/irritable-bowel-syndrome-beyond-the-basics/print .
Q9 : Étant atteint du syndrome du côlon irritable (SCI), je suis un régime pauvre en FODMAP strict depuis des années. Entre-temps, mes pets ont cessé de sentir. J'en suis arrivé au point où ils ne sentent plus rien (même si je mange sans compter). Mes restrictions alimentaires excessives pourraient-elles favoriser la prolifération d'un sous-type de bactéries dans mes intestins ? À ma connaissance, le gaz peut être de l'hydrogène ou du méthane. Serait-ce moi qui favorise la prolifération des bactéries productrices de méthane ? (u/dudespock)
R : Les gaz sont généralement un sous-produit de la fermentation qui se produit lorsque les bactéries intestinales digèrent les aliments que vous leur donnez. En effet, comme vous l'avez mentionné, cette fermentation produit notamment du dioxyde de carbone, de l'hydrogène, du méthane et du soufre. Le soufre est connu pour créer des odeurs âcres, ce qui explique en partie l'odeur de nos pets. Vous trouverez une excellente analyse à ce sujet ici : https://link.springer.com/content/pdf/10.1007/s11894-013-0356-y.pdf .
Pour répondre à votre question, il est tout à fait possible que votre alimentation ait modifié votre composition microbienne de telle sorte qu'il y ait moins de producteurs de soufre. Cependant, sans analyse du microbiome intestinal, il serait difficile de le savoir. De plus, il est difficile de déterminer si c'est un bien ou un mal, mais certaines recherches ont établi un lien entre les bactéries productrices de soufre, comme Desulfovibrio , et des maladies comme le syndrome du côlon irritable (SCI) et les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI) : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3508456/ . Par conséquent, des concentrations excessives de ces bactéries pourraient nuire à la santé.
Je vous laisse avec une dernière lecture intéressante qui traite de l'impact de l'alimentation sur la composition de vos gaz : https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31520080/ .
Q10 : J'ai beaucoup entendu dire que les yaourts probiotiques, voire les comprimés, ont tendance à ne pas survivre à la digestion (ce qui est logique pour éviter de tomber gravement malade à chaque fois que l'on mange un aliment contenant moins de bactéries bénéfiques) et qu'ils n'ont que peu d'impact sur la flore intestinale, voire aucun, en pratique. À votre connaissance, existe-t-il des aliments ou des habitudes alimentaires qui ont des effets positifs mesurables sur le microbiote intestinal, au-delà de la réduction des aliments transformés et du sucre ? (u/APiousCultist)
R : Une étude récente a examiné de plus près la façon dont les aliments fermentés, comme le yaourt (qui contient des bactéries probiotiques), modifient le microbiome intestinal. Cette étude a montré que les aliments fermentés augmentaient la diversité bactérienne intestinale. Il est intéressant de noter que peu de ces bactéries provenaient des aliments fermentés présents dans l'alimentation des participants. L'étude suggère que cela s'explique par la présence d'autres composants des aliments fermentés, tels que les composés produits pendant la fermentation, qui offrent un environnement plus propice à la prolifération de nouvelles bactéries.
- https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34256014/
Bien qu'il soit difficile de recommander un aliment spécifique garantissant un bon microbiote intestinal, certains régimes alimentaires plus généraux ont été associés à un microbiote intestinal sain. L'un des régimes les plus fréquemment associés est le régime méditerranéen, riche en fruits, légumes, noix, légumineuses, huile d'olive et viandes comme le poisson et la volaille, et limitant la consommation de viandes rouges et de céréales raffinées.
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7359750/
Q11 : Les boissons probiotiques m'aideront-elles si j'en bois une tous les jours ? (u/superjeegs)
R : En ce qui concerne les boissons probiotiques comme le kombucha, il existe très peu de preuves médicales et scientifiques pour étayer leurs bienfaits. Comme c'est le cas pour la plupart des probiotiques, très peu de ces « bonnes » bactéries survivent au trajet de la bouche à l'estomac, puis aux intestins. Nous l'avons constaté à maintes reprises chez nos clients qui prennent régulièrement des probiotiques, mais qui ne les constatent pas après notre test du microbiome (qui analyse toutes les bactéries présentes dans les selles). En fin de compte, c'est un domaine de recherche qui nécessite encore du temps pour se développer, mais pour l'instant, je reste sceptique quant à la plupart des probiotiques disponibles, qu'ils soient sous forme de compléments ou de boissons.
La meilleure façon d'améliorer votre microbiome est de passer par votre alimentation. Nos bactéries se nourrissent de ce que nous mangeons et nous aident même à digérer les fibres que notre corps ne peut pas assimiler.
Donc, si vous buvez du kombucha pour des raisons médicales, les recherches n'en sont pas encore là, mais si vous le buvez pour le goût, allez-y. Moi, je le fais. Mon conseil : faites attention aux sucres ajoutés. Certains parfums en contiennent énormément !
Je vais déposer ce lien ici de la clinique Mayo qui donne quelques informations générales sur les preuves actuelles concernant les boissons probiotiques. https://www.mayoclinic.org/healthy-lifestyle/consumer-health/expert-answers/kombucha-tea/faq-20058126
De plus, voici un autre lien de la clinique de Cleveland !
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